Каким членом предложения является числительное в предложении: на письменном столе лежали два конверта

Два конверта лежали. "Два конверта" - это подлежащее 

На письменном столе лежали два конверта.
Числительное здесь является подлежащим: два конверта.
Два конверта-подлежащее и подчёркивается одной чертой.