люди когда и за что казакам впервые грозило отлучение от церкви?

В 1625 году. После смуты правительство шло на уступки казачеству, так как нуждалось в его поддержке в борьбе с Польшей.(однако отношения между донскими казаками и русским правительством оставались сложными и были на уровне своеобразного сюзеренитета- вассалитета)
Для войны с Польшей Москва нуждалась в союзе с турками и татарами. Однако  именно в этот момент казаки усилили набеги на Крым, выходили в Чёрное и Азовское моря, грабя и разоряя турецкие и татарские владения, чем осложняли русско-турецкие отношния.
Это и явилось причиной того, что царь грозил им опалой, а патриарх- отлучением от церкви.