Почему в фенотипически однородной популяции всегда присутствует генетическая неоднородность.

Генетическая разнородность свойственна не для всех популяций. Есть некоторые условия, которые могут создать относительно однородный генофонд. К этому можно отнести следующие факторы:
1) Небольшая численность особей (чем меньше организмов в популяции — тем меньше пределы мутационной изменчивости, тем меньше генетического материала, который обуславливает генетическую неоднородность популяции)
2) Изоляция относительно других популяций данного вида (при этом прекращается поток генов из другой популяции, она становится все более однородной из-за присутствия в ней только "своих" генов)
3) Стабильность условий внешней среды (изменчивость, а соответственно и изменения генофонда популяции, происходит за счет факторов внешней среды. И если действие этих факторов минимально, то и популяция будет отличаться своей однородностью из-за небольшого количества мутаций, приводящие к изменению генотипа особей)