Царь представил целый список недостатков и непорядков в жизни церкви, для устранения которых Собор принял Уложение в ста главах. Отсюда и его название — Стоглав. Стоглавое уложение укрепляло дисциплину, сводило к единообразию церковную службу и обряды. Всё это способствовало процессам централизации. В очередной раз было заявлено о неприкосновенности церковного землевладения, однако его рост был поставлен под контроль царской власти.