Почему в слове деревню окончание -ю?

потому что:

деревню - 1 скл.

1-е склонение - все слова женского и мужского рода, оканчивающиеся на «-а» или «-я» (мама, папа, стена, история, тетя, дядя)

Винительный падеж: окончания -у, -ю

про деревню, через деревню, в деревню.

деревня-1склонение ед.число в винительном падеже  оканчивается на ю