Почему в предложении стоит запятая они наклоняются верхушками между собой, себя шёпотом об опасности.

Потому что наклоняются и предупреждают- это однородные сказуемые. Подлежащее они (что делают?) наклоняются и предупреждают. Если бы между этими сказуемыми в предложении стоял бы союз и,запятая бы не ставилась.