Корень учения, В саду несколько корней яблонь (в значении яблонь), гнить на корню (переносн. значение), пустить корни (в значении обосноваться где-то), корень из числа, корень уравнения, в корне неправильно, в корне не соглашаться, смотреть в корень (вникать в суть), идея на корню (в зачатке).