Как возникли формы с чередованием : град-город древо-дерево клас-колос

Град , древо и клас - устаревшие слова. 
Колос буквально — «колющий, острый». Первоначальное *kolsъ > колос — в результате развития полногласия, и утраты слабого редуцированного ъ на конце слова.
Го́род (от гл.формы «городить» (в значении огораживать и строить); др.русс синоним — «град»).
Дерево- происходит от праслав. *dervo, *dьrvo, от кот. в числе прочего произошли: ст.-слав. дрѣво.