Как проверить букву е в слове семена?

По ударение просто проверь и все

Если первую е, то семя.
Если вторую е, то её проверить невозможно, нет проверочного слова, в котором эта буква была бы под ударением, здесь придётся учить правило.

О разносклоняемых существительных СЕМЯ, время, бремя, во всех падежах эти слова, кроме И. п, В. п, а так же во множественном числе имеют СУФФИКС "ЕН".

Род. падеж - семени,

Дат. падеж - семени.

Множеств. число - семена.