1) связаны ли между собой фонетика и орфография? а фонетика и орфоэпия? покажите на примерах.

Конечно, все разделы русского языка связаны между собой. Например, правописание приставки БЕЗ-БЕС, только владея знаниями фонетики, мы правильно напишем- без пишется, если корень начинается со звонкого звука- беЗДельник, бес-с глухого-беСПокоить. Фонетика с орфоэпией также связаны. Например, очень известный пример: в заимствованных словах перед Е, согласно фонетике, мы можем произносить согласный и твердо и мягко, а орфоэпия уже решает, в каких случаях, как произносим. В слове темп- [тэмп]- твёрдо, музей [муз'эй]- мягко