Почему Чичиков платит после оформления купчей только половину пошлины?

Гоголь был тем ещё троллем и постоянно смеялся над чиновниками, обличая все их пороки и высмеивая.

Объяснение:

Все чиновники у него собирают взятки, был даже описан эпизод, как именно это происходит.

Председатель, будучи знакомый с Чичиковым, проявляет внимание и обходительность: «Все будет сделано, а чиновным вы никому не давайте ничего, об этом я вас Приятели мои не должны платить».  Считайте, произошло это по блату. При этом, председателю вообще всё равно для чего пришёл Чичиков.

Сделка завершается в присутствии свидетелей (Собакевича). Чичиков платит в казну только половину пошлины, а «другая, неизвестно каким образом, отнесена была на счет другого какого-то просителя». В этом также сказалась «любезность» председателя.

Гоголь тут показывает порядки в присутственных местах царской России. Тут царит коррупция.