При реакциях атомы и молекулы веществ никуда не могут деться и не могут материализоваться по таинственным причинам. Значит, что пришло - то и уйдет. В составе других молекул - да, но если речь идет о химической реакции, то в процессе ее протекания атомы не синтезируются и не разрушаются, а значит, их количество и масса постоянны.