Чем атомы отличаются элементов? разве это не одно и то же?

Химический элемент - это совокупность атомов с одинаковым зарядом ядра (числом протонов). Химический элемент включает все изотопы 
Атом - это конкретная частица.

рассмотрим на примере:
химический элемент водород включает в себя атомы следующих изотопов (они все являются химическим элементом водород) протия (протонов 1 нейтронов 0), дейтерия (протонов 1 нейтронов 1), трития (протонов 1, нейтронов 2). 

Хим элемент может иметь разное количество атомов в моекулах. например кислород - О2 и   Оз(озон). атомы одинаковые, хи м элемент дает разные вещества. тоже самое и углерод - графит и алмазх