Упорно проводя идею о том, что «священство выше царства», вживаясь (когда замещал Алексея Михайловича во время польско-литовских походов 1654–1656) в титул «великого государя», Никон всячески стремился к усилению внешнего великолепия и внутренней государственно-экономической значимости Русской церкви как законной преемницы византийской святости. Монументальным символом этого великолепия стал основанный им в 1656 Воскресенский Новоиерусалимский монастырь под Москвой (Новый Иерусалим). Огромные имущественные ценности, собранные Никоном ради величия церкви, увеличили число его врагов. Не желая делиться властью (а по сути – уступать ее патриарху), царь в итоге резко разошелся со своим былым любимцем. Рассерженный Никон, объявив о том, что оставляет патриаршество, в 1658 удалился в Новый Иерусалим; в 1664 он попытался вернуться в Москву, но был отправлен обратно. Собор 1667–1668, подтвердив никоновские реформы, в то же время снял с их инициатора патриарший сан, причем главным обвинителем на соборе выступил сам царь.