Во главе своего постоянно пополнявшегося отряда Пугачев подошел к Оренбургу и осадил его. Зачем Пугачев сковал свои силы этой осадой, почему не пошел в центр? Для того чтобы понять это, надо представлять себе, что значил Оренбург для яицкого казачества. Будучи административным центром края, местом, откуда исходили все указы и карательные экспедиции царского правительства, Оренбург был для казаков исчадием ада, своего рода символом враждебной им власти. Нужно было его взять - ведь именно казачество составляло основную движущую силу восстания на этом этапе. Село Берда под Оренбургом превращается в столицу восставшего казачества. Здесь сложился пугачевский штаб, была создана Государственная военная коллегия.Несколько позже в селе Чесноковке под Уфой образовался еще один центр движения. Возникло и еще несколько менее значительных центров. Первый этап войны завершается двумя поражениями Пугачева - под Татищевой крепостью и Сакмарским городком, а также поражением его ближайшего сподвижника Зарубина-Чики у Чесноковки и прекращением осады Оренбурга и Уфы. Пугачев и уцелевшие его сподвижники уходят в Башкирию.