Почему еретиков церковь преследовала больше чем иноверцев

Во первых смотря какое Евангелие - не все были приняты Никейским собором.

Во вторых люди иногда ссылаясь на Евангелие, несут несусветную чушь,
"почитание" это без грамотности (например "свидетели Иеговы" - команда
 каких-то фантазеров, все книги переврали).

В третьих иногда члены "антисистем" (катары те же) признают внешне
христианские святые книги, но на самом деле предлагается просто
промолчать (типа это "знания на нулевом уровне, для дураков"),
а на самом деле они якобы на уровне выше - знания "тайные" ...
иногда это было более 10 уровней.

В четвертых политика - тех же лютеран преследовали, хотя они
чистейшие христиане. И других протестан. Тут вопрос в том
что Папа Римский теряет власть.