Почему церковь в те времена обычно осуждала взимание платы за обучение?

Потому что церковь является оплотом справедливости, бескорыстности. Поэтому атеисты пользовались необходимостью церкви в деньгах и старались осудить ее. (церковь, конечно, не была идеальной. Были и излишние поборы и вмешательство в дела государственные, но было это в Средневековье)