Діяльність Другої Малоросійської колегії було спрямовано на ліквідацію решток автономного устрою Гетьманщини.
повернення козаків Задунайської Січі на Запоріжжя.
упорядкування системи управління Запорозькою Січчю
запровадження полкового устрою в Слобідській Україні.