Что и что препятствовало становлению крестьянина -производителя ?

Не практически ничего.

Препятствовало - содержание и суть Положений реформы 1861 года.
Вся реформа для большинства крестьян свелась к тому, что они перестали официально называться «крепостными» , а стали называться «обязанными» ; формально они стали считаться свободными, но в их положении абсолютно ничего не изменилось или даже ухудшилось: в частности, пороть крестьян помещики стали ещё больше.

1. Крестьяне должны были выкупать свои наделы. По условиям реформы крестьяне не могли отказаться от выкупа земли
2. Денег на выкуп, как правило, у крестьян не было и они получали эти деньги в долг от государства под капитализированные проценты (проценты на проценты) .
В результате долг крестьян рос как снежный ком.
3. Крестьяне находились во временнообязанном состоянии вплоть до заключения выкупной сделки - то есть выполняли те же повинности. что и раньше в пользу помещика.
4. По нормам выделения наделов у крестьян в итоге наделы стали меньше, чем до Реформы.
5. Ещё одним результатам реформы 1861 г. стало появление т. н. отрезков — части земель, составлявших в среднем около 20 %, которые ранее были в ведении крестьян, но теперь оказавшихся в ведении помещиков и не подлежащих выкупу - луга, выгоны, даже места для прогона скота к водопою, помещики заставляли их арендовать эти земли не иначе, как под работу, с обязательством вспахать, засеять и сжать на помещика определённое количество десятин.
6. Крестьяне получили землю не в личную собственность, а в собственность "общины" (деревни или села) .
Важнейшей задачей в общине выло справедливое распределение "общей" земли между отдельными хозяйствами. Большие семьи получали соответственно больше земли, маленькие - меньше. Но, так как состав семей менялся, приходилось довольно часто перераспределять землю. Таким образом, крестьянские хозяйства не имели постоянной земли.
Выход из общины был ограничен.

Последние 2 пункта были настолько важны, что ликвидация отрезков стала основным требованием крестьян в ходе первой русской революции, а выход крестьян из общины - предметом аграрной реформы Столыпина.