Нужно создать макрос в excel, который будет сравнивать значения двух ячеек и, вычитая из большего меньшее, записывать результат в третью.

а если у меня в двух таблицах строки не все , что делать?

вот например два файлика в архиве (размер 41кб, пароль архива "934934" без кавычек),

в одном из файликов некоторых строчек нет, а в результирующем итоговом файлике необходимо получить сумму значений в ячейках, и все строки какие есть по совокупности в двух файлах