Большинство крупных озер расположились на востоке Африки. Их котловины находятся в узких вытянутых впадинах в зоне Восточно-Африканских разломов земной коры,образовавшихся при сдвиге тектонических плит. Эти озера имеют крутые берега и большие глубины. Самым глубоким в Африке и вторым в мире по глубине после Байкала является озеро Танганьика.