Как называется меньшая часть страны, которая большей своей частью располагается на материке, а меньшей на островах и полуострове, который отделен от основной территории другим государством?

Возможно так:
Анклав  — часть территории государства, полностью окруженная территорией других государств. Понятие территории включает в себя как сухопутную территорию, так и территориальные воды. С точки зрения самого государства, которому принадлежит данная территория, она называется «эксклав», понятие «анклав» используется другими государствами.

Автономия называется.