Почему при применении механизмов для подъёма грузов и преодоления какого либо сопротивления полезная работа не равна полной ?

Потому, что КПД механизмов всегда меньше 1.
Например, при использовании блока для подъема груза, нам его совсем не надо раскручивать. А на его раскручивание идет затраты энергии. Также есть трение в оси. Опять затраты. Трос, которым поднимают груз растягивается - опять затраты.
Вот и получается, что мы кроме полезной работы выполняем еще и другую, бесполезную.