Генная теория утверждает, что аллельные гены, находящиеся в гомологичных хромосомах, наследуются независимо друг от друга и равномерно распределяются по гаметам. Эта теория впервые объяснила причины появления в F1 гибридов с одинаковым фенотипом. Хромосомная теория не опровергает генную, но расширяет представления о наследовании признаков, так как разъясняет закономерности сцепленного наследования, расположения генов в хромосомах и характер их влияния друг на друга.