Остров Сокотра расположен в Индийском океане, а остров Сан-Томе – в Атлантическом (Гвинейский залив). В Гвинейский залив впадают несколько крупных рек. Их воды опресняют воды океана. Кроме того, остров Сокотра расположен в тропических широтах, поэтому солёность поверхностных вод у его берегов выше, чем у берегов острова Сокотра