Почему не всегда дружат центральная власть и власти на местах?

Потому что это разные уровни власти. И то что кажется правильным центральной власти "из далека", не всегда таковым является. Легче руководить чем исполнять. В результате формируются за частую 2 разные точки зрения по одному вопросу.