Регулярное изъятие части биологической продукции с урожаем ведет к тому, что минеральные вещества не возвращаются в почву в ходе естественного биологического круговорота. Поэтому агроэкосистемы неустойчивы. Поддержание биологического круговорота в агросистемах способствует их высокое биологическое разнообразие. Для этого правильно сбалансированные агросистемы помимо полей включает также пастбища, сенокосные луга и животноводческие комплексы. Этому способствует и организация севооборотов, в ходе которых на полях осуществляется чередование возделываемых культур.