Начало опыта выглядит одинаково: скрещиваются растения с жёлтыми и зелёными горошинами. Почему же отличаются результаты?

Результаты отличаются, потому что скрещивание проводилось с горошинами, имеющие разный генетический набор. В первом случае скрещивание проводилось только между гибридами первого  поколения (F1). Они несут задатки зеленой окраски, что и проявилось при скрещивании. Во втором случае скрещивание проводилось между гибридом первого поколения (F1) и родителем (Р), обладающим только задатками зелёной окраски горошин. Здесь вероятность появления зеленых горошин возрастают, потому что один гебрид (есть скрытые задатки зеленой окраски горошин) и родитель (чистая линия, обладающая только задатками зелёной окраски горошин).