В 1941 г. были освобождены из лагерей и направлены в Красную Армию около 200 тыс. человек. В 1943 г. НКВД разделили на два наркомата: НКВД и Наркомат государственной безопасности — НГБ. Их руководителями стали Л.П. Берия и В.Н. Меркулов. В составе Наркомата обороны было создано Управление контрразведки «Смерш» (Смерть шпионам). Деятельность большинства работников спецслужб в годы войны была связана с разведкой и контрразведкой, диверсиями в тылу врага и охраной военных объектов.
Контрразведке пришлось бороться с опытным противником. За годы войны выявили почти 2 тыс. агентов-парашютистов, в том числе более 600 радистов. Было пресечено подавляющее число попыток диверсий в глубоком советском тылу. Среди героев войны немало сотрудников госбезопасности: разведчик Н. Кузнецов, руководители партизанских отрядов и подпольных организаций: Д. Медведев, К. Орловский, Л. Кудря, Д. Молодцов, В. Лягин.
Контрразведке пришлось бороться с опытным противником. За годы войны выявили почти 2 тыс. агентов-парашютистов, в том числе более 600 радистов. Было пресечено подавляющее число попыток диверсий в глубоком советском тылу. Среди героев войны немало сотрудников госбезопасности: разведчик Н. Кузнецов, руководители партизанских отрядов и подпольных организаций: Д. Медведев, К. Орловский, Л. Кудря, Д. Молодцов, В. Лягин.