Размножение протистов может происходить как бесполым, так и половым способами. Основная форма бесполого размножения большинства одноклеточных протистов — деление клетки надвое, которому предшествует деление ядра. Кроме того, у многих, особенно многоклеточных организмов, бесполое размножение может осуществляться путем образования специализированных клеток — спор. Половое размножение у протистов также встречается довольно часто.