Как началось самостоятельное правление Петра?

Активность Петра сильно тревожила царевну Софью, понимавшую, что с наступлением совершеннолетия единокровного брата ей придётся расстаться с властью. 7 августа 1689 года неожиданно для всех произошло решающее событие. В этот день царевна Софья велела начальнику стрельцов Фёдору Шакловитому снарядить побольше своих людей в Кремль, будто бы для сопровождения в Донской монастырь на богомолье. Вместе с тем распространился слух о письме с известием, что царь Пётр ночью решил занять своими «потешными» полками Кремль, убить царевну, брата царя Ивана, и захватить власть. Шакловитый собрал стрелецкие полки, чтобы идти «великим собранием» на Преображенское и побить всех сторонников Петра за их намерение убить царевну Софью. Тогда же послали троих верховых наблюдать, что делается в Преображенском с заданием сразу сообщить, если царь Пётр куда-либо выедет один или с полками.
Сторонники Петра среди стрельцов послали двух единомышленников в Преображенское. После донесения Пётр с небольшой свитой в тревоге поскакал в Троице-Сергиев монастырь. Следствием пережитых ужасов стрелецких выступлений была болезнь Петра: при сильном волнении у него начинались конвульсивные движения лица. 8 августа в монастырь прибыли обе царицы, Наталья и Евдокия, вслед за ними пришли «потешные» полки с артиллерией. 16 августа от Петра пришла грамота, чтобы от всех полков были присланы в Троице-Сергиев монастырь начальники и по 10 человек рядовых. Царевна Софья настрого запретила исполнять это повеление под страхом смертной казни, а царю Петру отправили грамоту с извещением, что никак нельзя исполнить его просьбу.
27 августа пришла новая грамота царя Петра — идти всем полкам к Троице. Большая часть войск повиновалась законному царю, и царевне Софье пришлось признать поражение. Она сама отправилась в Троицкий монастырь, но в селе Воздвиженское её встретили посланники Петра с приказом вернуться в Москву. Вскоре Софья была заключена в Новодевичий монастырь под строгий присмотр.
7 октября был схвачен и потом казнён Фёдор Шакловитый. Старший брат, царь Иван (или Иоанн), встретил Петра в Успенском соборе и фактически отдал ему всю власть. С 1689 года он не принимал участия в правлении, хотя до самой смерти 29 января (8 февраля) 1696 год номинально продолжал быть соправителем.
После свержения царевны Софьи власть перешла в руки людей, сплотившихся вокруг царицы Натальи Кирилловны. Она старалась приучать сына к государственному управлению, поручая ему частные дела, которые Петр находил скучными. Важнейшие решения (объявление войны, избрание Патриарха и т. п.) принимались без учета мнения молодого царя. Это вело к конфликтам. К примеру, в начале 1692 г., обиженный на то, что вопреки его воле московское правительство отказалось возобновлять войну с Османской империей, царь не захотел возвращаться из Переяславля для встречи персидского посла, а первые лица правительства были вынуждены лично ехать за ним. Состоявшееся 1 января 1692 г. по воле Петра I в Преображенском «поставление» Н. М. Зотова во «всея Яузы и всего Кокуя патриархи» стало ответом царя на совершенное помимо его воли поставление патриарха Адриана. После смерти Натальи Кирилловны царь не стал смещать сформированное матерью правительство Л. К. Нарышкина и Б. А. Голицына, однако добился, чтобы оно неукоснительно выполняло его волю.