Иннокентий 3 организовал крестовый поход против альбигойцев, еретическое движение во Франции. С помощью рыцарства эта ересь была уничтожена. Еретиков сжигали на кострах, убивали и преследовали. Для борьбы с ересями папским престолом была создана инквизиция. По всей Западной Европе были организованы инквизиционные суды. Они использовали тайное следствие, доносчиков и пытки для выявления еретиков. Высшей мерой для еретиков было сожжение на костре. Для борьбы с ересями был создан доминиканский орден. Ему было поручено руководить инквизицией.