Духовенство лишалось права давать нравственную оценку деяниям светских властей. Объявление императора высшим судьёй в духовных делах окончательно ставило Церковь в подчинённое положение. Была даже предпринята попытка ограничить тайну исповеди. Отныне священник, узнавший на исповеди о каких-либо враждебных государю и государству намерениях, обязан был тотчас доносить об этом властям.
Главным помощником Петра в реформировании Церкви стал псковский архиепископ Феофан Прокоп6вич. В 1721 г. он составил Духовный регламент, обосновывающий и оправдывающий зависимое положение Церкви от абсолютного монарха.