Автотрофные бактерии, подобно растениям, используют для своего существования солнечный свет. Поэтому они обитают не на дне, а в верхних слоях водоемов, и содержат пигменты (хлорофилл). Наиболее распространенными среди таких бактерий являются цианобактерии.