Чем вы можете объяснить тот факт, что помещик, желавший отпустить своих крестьян, должен был испрашивать на это разрешение министра внутренних дел?

На то есть несколько причин. Во-первых, возникало подозрение, что помещик, который отпускает своих крестьян – слишком большой либерал, возможно даже революционер, что российские власти не одобряли. Во-вторых в начале XIX века историческая наука уже существовала. Все отлично помнили про огораживание в Англии. В теории помещик мог освобождать крестьян, чтобы освободить от них землю (хотя реально таких примеров в России, насколько я знаю, не было).