От чего зависит скорость бега млекопитающих?

Ну, в первую очередь от генов. Смотря что за млекопитающее. Какие у него
Если млекопитающее X в течении пятидесяти поколений бегало каждый день, то мышцы, отвечающие за бег у X будут развиты наиболее сильно, по сравнению с другими мышцами. 
Гепард бегает быстрее собаки, потому что для него бег - единственный существовать. Если он будет бегать медленно, он не догонит парно копытных и прочую живность, на которую охотится. Потомство гепарда уже априори будет обладать сильно развитыми мышцами лап. 
Также, если млекопитающее X будет регулярно упражняться в данном поприще, оно будет еще выносливее и быстрее бегать.