Внешний вид кукушкина льна представляет собой стебель, который покрыт листьями. Корней данное растение не имеет, к почве прикреплен ризоидами. Половые органы находятся на верхушке стебля среди листьев. Оплодотворение происходит в водной среде. Так же кукушкин лен может размножаться вегетативными органами-частями тела или почками.