По сравнению с обыкновенной амёбой, строение эвглены более сложное. Она покрыта оболочкой, имеет жгутик, хроматофоры, глазок. При изучении строения эвглены, видно, что она состоит из одной клетки. Основными составляющими строения эвглены также являются протоплазма и ядро. Но, в отличие от амебы, эвглена зеленая покрыта оболочкой. Поэтому эвглена имеет более или менее постоянную форму строения тела. Строение эвглены разнообразно и зависит от окружающей среда. Пока эвглена свободно плавает, она имеет удлинённую веретенообразную форму. Когда же эвглена прикрепляется к водным растениям или ко дну водоемов, она сильно изменять свою форму, сжимая тело почти в шарик.