Центральной нервной системой ланцетников является нервная трубка, лежащая над хордой с узкой полостью внутри - невроцелью. Так как в головном отделе нервной трубки присутствуют рудименты, можно предположить, что ЦНС современного ланцетника примитивнее чем у его предков, это можно связать с более подвижным образом жизни последних.