Онтогенез асцидии интересен с позиции изучения филогенеза хордовых. Личинка асцидии имеет явно выраженные признаки хордовых: нервная трубка и хорда. У взрослой асцидии исчезает хорда, затем нервная трубка и светочувствительный глазок. Глотка разрастается и резко увеличивается количество жаберных щелей.