Какой биологический метод изучает зародышей организмов для установления их филогенетического родства?

Это эмбриологический метод. Заключается он в сравнении и выявлении сходств организмов,находящихся в стадии зародыша,причём чем более ранние стадии исследуются,тем большее сходство может быть обнаружено (закон Бэра). Своё отражение здесь находит и закон Геккеля-Мюллера: в процессе индивидуального развития любой живой организм в какой-то момент имеет признаки предковых форм.