В крохмалопаточном производстве из-за специфичности технологического процесса микроорганизмы-вредители не размножаются и следовательно не наносят ущерба. Однако в отдельных случаях они могут нарушить технологический процесс и вызвать порчу продукции. Особенно активно микроорганизмы проявляют себя в процессе хранения сырья (картофеля, зерна), при замочке зерна, а также при хранении сырого крахмала.