Бесполое размножение плаунов осуществляется с спор, образующихся в спорангияхпочковидной формы. В типичных случаях спорангии, расположенные на короткой ножке, развиваются на верхней стороне спорофилла . У примитивных видов, так же как у вымерших дрепанофикусовых , спорангии могут возникать либо в пазухе листа, либо на стебле близ листа. Это указывает на то, что осуществление тесной связи спорангия с листом происходило независимо в разных систематических группах. Спорофиллы по форме и цвету сходны с вегетативными листьями либо несколько отличаются от них. У некоторых видов на нижней стороне спорофилла образуется вырост, который увеличивает защиту низлежащего спорангия. У редких примитивных видов спорофиллы без видимой закономерности располагаются между вегетативными листьями либо образуют нечетко выраженную спороносную зону. У большинства плаунов на вершине особых побегов располагаются стробилы в виде колосков, длина которых у разных видов варьируют от 0,5 до 40 см.