Как правильно, fish live in the sea или fish lives in the sea

Правильно первое и второе.
Первое - если мн.ч
Второе - если ед.ч

В принципе оба, т.к. слово может употребляться в единственном числе как во множественном ( из этой же серии deer, fruit).  Но если это единственное число и существительное исчисляемое, то должен быть артикль.  Во втором предложении его нет и это ошибка.  Поэтому только первый вариант:  Fish live in the sea. (рыбы живут в воде).