Чем отличаются словосочетания: to be at school, to be in school, to be in the

Очень интересный вопрос(и очень сложный).
Если дети сейчас находятся в школе, то:
1. в Великобритании вы скажете at school
2. В США at school, и, в последнее время чаще говорят they have school - находятся в школе. Так же в США в этом значении употребляется in school, хотя грамматически это неверно

Если дети в принципе ходят в школу, а не работают, не учатся в университете, то принято говорить
in school
does your daugher work? -no she's in school. (У тебя дочь работает? Не, она еще в школе)

To be in the school употребляется когда что-то(кто-то) находится непосредственно в здании школы (не во дворе):
there are ten classrooms in the school (в этой школе 10 классных кабинетов)